Il Coordinamento dei servizi territoriali cura l’attuazione delle funzioni delle Sezioni "Competitività delle Filiere Agroalimentari", "Gestione sostenibile e Tutela delle Risorse forestali e naturali" e "Attuazione dei Programmi Comunitari per l’Agricoltura e la Pesca".

Inoltre, coordina il raccordo dei Servizi territoriali con i Servizi centrali del Dipartimento relativamente alle funzioni di gestione degli affari generali del Dipartimento, della statistica agraria, della comunicazione e della promozione, nonché dell’attuazione della normativa in materia di bonifica e irrigazione, con particolare riferimento alla vigilanza sull’attività dei Consorzi di Bonifica.

Il Coordinamento ha sede a Bari e si articola in cinque Servizi Territoriali: Bari-BAT, Brindisi, Foggia, Lecce e Taranto.